О создании базы данных «Национальная база данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2»

18.06.2021 5736

В России создана Национальная база данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2. Разработчиком этой программы и консолидирующим центром стал Центральный НИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора.

До сих пор информация о мутациях (геномных последовательностях) вируса SARS-CoV-2 из России была разрозненной, что в условиях продолжающейся пандемии, безусловно, является тормозящим фактором в борьбе новой коронавирусной инфекцией.

В соответствии с распоряжением Правительства РФ о необходимости создания единого информационного центра для анализа эпидемической ситуации и отслеживания циркулирующих в стране геновариантов коронавируса в ЦНИИ Эпидемиологии была разработана и введена в действие платформа «VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia). Сервис RuStrain». Платформа включает в себя базу данных «VGARus» (Свидетельство о государственной регистрации №2021621178 от 02.06.2021)и программное обеспечение (Свидетельство о государственной регистрации №2021618856 от 01.06.2021), позволяющее осуществлять агрегацию информации о геномах вирусов, сортировать, характеризовать и анализировать поступающие данные.

База данных «VGARus» содержит информацию о нуклеотидных последовательностях вирусов SARS-CoV-2 и их мутациях, распространенных в тех или иных регионах РФ, и может быть использована для хранения, систематизации и выборки данных для выявления мутаций и определения штаммов вирусов.

Программное обеспечение, интегрированное в платформу «VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia). Сервис RuStrain» позволяет анализировать результаты секвенирования, определять вероятный штамм вируса, формировать стандартизированные отчёты, загружать образцы, предназначенные для дальнейшего секвенирования..

Доступ к платформе осуществляется через портал Ссылка

В настоящее время все научные учреждения страны, занимающиеся секвенированием геномов коронавируса и зарегистрировавшиеся на портале в качестве пользователей, могут выложить изучаемые геномные последовательности в Национальную базу данных. Полученные регистрационные удостоверения позволяют предоставить зарегистрированным пользователям возможности пользоваться информацией из базы данных.

Создание Национальной базы данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 является важным шагом в борьбе с пандемией новой коронавирусной инфекции и огромным подспорьем для решения задач в практическом здравоохранении. Чем больше объем информации, которым владеют специалисты, тем более точные выводы они смогут сделать. Увеличение объема информации в базе данных позволит эффективно оценивать происходящие процессы, наблюдать за изменениями вируса, своевременно реагировать на них, делать объективные прогнозы развития эпидпроцесса.

Кроме того, данная платформа при необходимости может быть использована как база для мониторинга за другими инфекциями.

Центральный НИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора приглашает научные организации, занимающиеся секвенированием геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 и заинтересованные в развитии работ по генетическому анализу и анализу распространения этого вируса в нашей стране, принять участие не только в накоплении информации о геномных последовательностях. ЦНИИЭ открыт к сотрудничеству с другими организациями и готов рассмотреть все разумные предложения по внедрению новых методов анализа, а также по совершенствованию подходов, реализованных либо запланированных к реализации на платформе VGARus.

Источник : Ссылка